Высшим органом управления «Атомэнергопрома» является общее собрание акционеров. Согласно уставу, «Общество обязано ежегодно проводить годовое общее собрание акционеров в срок не ранее чем через 2 месяца и не позднее чем через 6 месяцев после окончания финансового года».

Совет директоров является органом управления, который в соответствии с Федеральным законом «Об акционерных обществах» и Уставом осуществляет общее руководство деятельностью компании, за исключением решения вопросов, отнесенных к компетенции общего собрания акционеров. Основной задачей Совета директоров является проведение политики, обеспечивающей динамичное развитие АО «Атомэнергопром», повышение устойчивости его работы и увеличение прибыльности.

Директор является единоличным исполнительным органом и действует на основании Устава. Директор вправе решать все вопросы текущей деятельности общества, за исключением вопросов, отнесенных законодательством Российской Федерации и уставом Общества к компетенции Общего собрания акционеров, Совета директоров и Правления.

Подробнее о компетенции руководящих органов можно прочитать в уставе АО «Атомэнергопром».